荷蘭及鄭氏時期，臺江外海有11個島嶼橫亙，沙洲南北各有一個港口，北為鹿耳門港，南為大員港，為臺灣最早之海港。1823年鹿耳門港被洪水沖毀，而安平則因海沙推移，港口反較前略深，於是與北線尾島上新興的四草湖合稱臺灣港，兼具國防及貿易功能，成為臺灣南部及臺灣府城（今臺南）的要港。1865年臺灣開港，亦被列為條約港之一，海關、洋行紛紛設立。未幾，該港被漂砂淤積，灣內之安平島接連陸地，船舶僅能碇泊於距舊港口兩海浬處。日治時期，總督府利用舊運河水道，自安平海關循鹽水溪至海口一段予以疏濬，惟舊運河易於淤積，須經常疏濬，極不經濟，臺灣港逐漸沒落。1908年打狗港興築後，臺灣港由於港灣條件不如打狗港，地位一落千丈。雖總督府於1921年至1926年間開鑿新運河，並於終點設置堆貨場倉庫，碼頭約1,780公尺。嗣因出口一段河道淤塞，復於1935年至1936年間於舊港口南2公里處闢安平港新港口，取代臺灣港的營運，並築導流堤二道，港口長160公尺，自港口再挖濬航道2公里，與新運河接通，築岸約500公尺，總經費77萬円，惜二次大戰時遭受破壞，港口淤積更甚。1974年時政府為解決臺南地區港口的問題，於安平港南方約2公里處的鯤鯓湖一地開闢興建鯤鯓港，即今日安平港的形態。